הגישה לאזור "מנהל המערכת" מוגבלת רק למשתמשים המוגדרים כ"מנהלי מערכת".
באופן עקרוני, ניתן להגדיר מספר "מנהלי מערכת" בקרב משתמשי המערכת.
מנהל המערכת יכול לשלוט על האלמנטים הבאים:
- הגדרות מערכת
- ניהול משתמשים
- ניהול פריטים (רשימות / קטלוג וכיוצ"ב).
- תהליכים (ראה פרק "תהליכים אוטומטיים")
- דפי נחיתה (ראה "יצירת דף נחיתה")
- קבוצות הרשאה (מידור אנשי קשר).
- "חזרה לדף שלי" (יציאה מאזור "מנהל המערכת").

שימו לב: חלק מהאפשרויות בתפריטים מוצגות רק כאשר המודול הרלוונטי פעיל בארגון (למשל הגדרות מסמכים, מחסנים או מספרים מאומתים), ולכן ייתכן שהתפריט אצלכם יכיל מעט פחות או יותר אפשרויות.
הגדרות מערכת:

באזור זה ניתן לעדכן ולהתאים את:
- הגדרות הארגון - שם הארגון, פרטי קשר, לוגו, מודולים שבשימוש, הגדרות יומן, הגדרות סליקה ועוד.
- הגדרות מסמכים - הגדרות עבור הפקת מסמכים חשבונאיים: פרטים שיופיעו על החשבוניות, ספרור המסמכים, קבצים נלווים להצעות מחיר/חשבוניות, הגדרות ממשק למערכת הנה"ח.
- ניהול תצוגה - ראה "איך ניתן להגדיר אילו עמודות יוצגו במסך הרשימתי".
- הגדרות אבטחה - אימות דו-שלבי, ניתוק אוטומטי של משתמשים לאחר זמן ללא פעילות, והגבלת העבודה במערכת לכתובות IP מורשות.
- הרחבת שדות/מאפיינים - ראה "איך מוסיפים שדות מאפיין חדשים לאיש קשר".
- עריכת טפסים - ראה "איך ניתן לנהל את סדר השדות בטופס איש קשר".
- לוג קריאות ממשקים - צפייה בקריאות שהתקבלו מממשקים חיצוניים (למשל לידים מאתרים ודפי נחיתה), לצורך מעקב ובדיקת תקלות.
- יצירת טופס ליד - ראה "כיצד ניתן לקלוט לידים מאתרים חיצוניים ודפי נחיתה".
- חבילת שירות - אזור בו ניתן לצפות בחבילת השירות בפלנדו, לצפות בארכיון החשבוניות של הארגון ולבצע רכישה של חבילות נוספות של דיוור או מסרונים.
ניהול משתמשים:
באזור זה ניתן להוסיף משתמשים חדשים (ראה "כיצד להגדיר משתמש חדש"), למחוק או לשנות הגדרות של משתמשים קיימים (ראה "מה הם סוגי המשתמשים").
ניהול פריטים:

באזור זה ניתן לעדכן ולהתאים את:
- קטגוריות הפריטים - ניהול הערכים עבור רשימות בחירה הקיימות במערכת (כגון "סטטוסי תהליך", "מקורות לידים", "סוגי רשומות פעילות" וכיוצ"ב).
- מילות מפתח - בניגוד לקטגוריות פריטים שהם רשימות שניתן לבחור אפשרות אחת מתוך הערכים, במילות מפתח ניתן לבחור מספר אפשרויות (בחירה מרובה), כאן ניתן לנהל רשימות ערכים אלו.
- סניפים / מחלקות - ניהול רשימת הסניפים והמחלקות של הארגון (מוצג כאשר האפשרות פעילה בארגון).
- קטלוג - המערכת מאפשרת לנהל קטלוג פריטים, כל פריט מכיל מק"ט, תאור הפריט ומחיר הפריט. קטלוג זה משמש בעת הפקת חשבוניות - ניתן לבחור פריט קטלוגי לכל שורת חשבונית.
- סוגי קשרים - ניתן להגדיר דרך המערכת סוגי קשרים (כגון הורה-ילד או אחים), ולהגדיר באמצעותם אח"כ בתיקי הלקוחות קשרים בין אנשי הקשר (קשרים אשר מאפשרים מעבר מהיר מתיק איש קשר אחד לאחר המקושר אליו).
- מחסנים - ניהול המחסנים עבור מודול ניהול המלאי (ראה פרק "מלאי").
- מספרים מאומתים - אימות מספרי טלפון שישמשו כשולח בעת שליחת מסרונים.
- חיפוש קבצים - חיפוש קבצים שצורפו במערכת.
קבוצות הרשאה:
מנגנון קבוצות הרשאה מאפשר למדר לקוחות מסויימים ממשתמשים מסויימים.
ניתן ליצור קבוצת הרשאה אז לשייך לקבוצת ההרשאה הזאת את המשתמשים הרלוונטים ואת הלקוחות הרלוונטים. שאר המשתמשים לא יוכלו לראות את הלקוחות האלה.